Początki slawistyki w Warszawie wiążą się z utworzeniem Królewskiego Uniwersytetu Warszawskiego w roku 1816. Już w 1817 roku powołano tu katedrę slawistyki, jedną z pierwszych w Europie. Jej kontynuatorką była sekcja języków słowiańskich, zorganizowana w roku 1863 w Szkole Głównej. Również w strukturze rosyjskiego Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego funkcjonowały studia sensu stricte slawistyczne.
Za sukcesora tych tradycji w znacznej mierze można uznać Seminarium Slawistyczne, założone w roku 1915 przez prof. dr. Stanisława Słońskiego. Slawistyka obejmowała wówczas – jak i przez okres międzywojenny ‒ całą Słowiańszczyznę i reprezentowała głównie kierunek językoznawczy. Zajęcia prowadzili m. in.: Jan Baudouin de Courtenay, Stanisław Szober, Witold Doroszewski i Halina Koneczna.
Po II wojnie światowej Seminarium Slawistyczne zostało reaktywowane jesienią roku 1945 i mieściło się – jak przed 1939 – w Gmachu Porektorskim, a stanowisko kierownika piastował w dalszym ciągu prof. Stanisław Słoński.
W roku 1952 Seminarium przekształcono w Katedrę Filologii Słowiańskiej. Jej kierownikiem został w tymże roku 1952 prof. dr hab. Zdzisław Stieber. Kadra naukowo-dydaktyczna liczyła już wtedy piętnaście osób. Prof. Stieber rozszerzył specjalizację zakładu o bułgarystykę i serbokroatystykę, rozbudowując również (słabo dotąd reprezentowany) kierunek historycznoliteracki. Tragiczna wprost sytuacja lokalowa uległa poprawie przed początkiem roku akademickiego 1960/1961, gdy Katedrę przeniesiono do odbudowanego po wojnie budynku, znanego od XIX wieku jako tzw. dom Tekli Rapackiej (przy ul. Oboźnej 8).
Do lat pięćdziesiątych studia slawistyczne były sensu stricto filologiczne. W okresie tym ze slawistyki wyodrębnił się instytucjonalnie kierunek wschodniosłowiański.
W roku 1967 kierownikiem Katedry został prof. dr Józef Magnuszewski, historyk literatur zachodnio- i południowosłowiańskich, folklorysta, jeden z pionierów polskiej slawistyki literaturoznawczej. Kolejną zmianę przyniósł rok 1968, kiedy Katedra Filologii Słowiańskiej została przekształcona w Instytut Filologii Słowiańskiej. Stanowiło to efekt zmian strukturalnych w Uczelni, polegających m. in. na likwidacji katedr. W tym samym czasie ‒ w wyniku podziału Wydziału Filologicznego ‒ utworzono Wydział Filologii Polskiej i Słowiańskiej, w składzie którego znalazła się slawistyka. Szczególną aktywność wykazał Instytut Filologii Słowiańskiej w trakcie obrad VII Międzynarodowego Zjazdu Slawistów w Warszawie latem 1973 roku.
W roku 1975 Instytut Filologii Słowiańskiej został włączony w ramy organizacyjne Wydziału Rusycystyki i Slawistyki, w roku zaś 1979 – za kadencji dyrektorskiej (od roku 1978) dr. hab. Krzysztofa Wrocławskiego – nastąpiła przeprowadzka do nowo tworzonego kampusu na Służewie. Ponowne włączenie w struktury Wydziału Polonistyki miało miejsce w 1982 roku.
Na początku lat dziewięćdziesiątych, za kadencji dyrektorskiej dr hab. Joanny Rapackiej, wybitnej znawczyni dawnych literatur chorwackiej i serbskiej, uległa zmianie struktura wewnętrzna Instytutu. Powołano wówczas dwa (w miejsce dotychczasowych czterech) zakłady: Literatur Słowiańskich oraz Języków Słowiańskich.
Doniosłym wydarzeniem w życiu całej polskiej slawistyki drugiej połowy lat dziewięćdziesiątych był XII Międzynarodowy Kongres Slawistów, zorganizowany w Krakowie w roku 1998 (trzeci z kolei zjazd urządzony w Polsce). Przewodniczącym Komitetu Organizacyjnego był prof. dr hab. Janusz Siatkowski, czołowy polski bohemista, dyrektor Instytutu Filologii Słowiańskiej w drugiej połowie lat dziewięćdziesiątych.
W roku 2000 nastąpił powrót na główny kampus Uniwersytetu Warszawskiego. Instytutowi Filologii Słowiańskiej przydzielono aktualną lokalizację – w budynku na tyłach Auditorium Maximum. Długo oczekiwana przeprowadzka była rezultatem wieloletnich starań dyrektora Instytutu, dr. hab. Krzysztofa Wrocławskiego. Budynek wymagał jednak gruntownej adaptacji. Pieczę nad przebudową nowej siedziby Instytutu sprawował dr Jerzy Molas, zastępca dyrektora. Prace zostały zakończone w roku 2001, kiedy do pomieszczeń Instytutu Filologii Słowiańskiej przeprowadzono Bibliotekę Instytutu Slawistyki Polskiej Akademii Nauk ‒ największy polski księgozbiór slawistyczny. Zwieńczeniem prac remontowych i adaptacyjnych stała się w 2002 roku (24 maja) uroczystość nadania największej sali wykładowej Instytutu imienia Świętych Cyryla i Metodego. Uroczystość tę zaszczycił swoją obecnością ówczesny Rektor, prof. dr hab. Piotr Węgleński.
Najważniejsze zmiany w Instytucie w pierwszych latach XXI wieku polegały na wprowadzeniu studiów trójstopniowych (trzy lata studiów licencjackich + dwa lata uzupełniających studiów magisterskich + cztery lata studiów doktoranckich) oraz ewolucji od tradycyjnych studiów filologicznych ku slawistyce kulturoznawczej. W związku z koniecznością precyzyjnego zaznaczenia instytucjonalnej autonomii slawistyki zachodniej i południowej oraz w wyniku odejścia od profilu filologicznego doszło w roku 2003 do zmiany nazwy Instytutu Filologii Słowiańskiej na obecnie obowiązującą: Instytut Slawistyki Zachodniej i Południowej. Po przyjęciu przez warszawską Uczelnię standardów tzw. procesu bolońskiego nastąpiła formalna zmiana profilu studiów, sankcjonująca profil kulturoznawczy. W roku 2004 wprowadzony został w Instytucie Slawistyki Zachodniej i Południowej nowy program dwustopniowych kulturoznawczych studiów slawistycznych.
W roku 2005 bardzo uroczyście obchodzono dziewięćdziesiątą rocznicę powstania Instytutu. Wydano wówczas książkę jubileuszową pod redakcją dr. Jerzego Molasa – Z historii slawistyki na Uniwersytecie Warszawskim.
Na przestrzeni lat zmianom ulegała struktura Instytutu. W roku 2008, kiedy dyrektorem została prof. dr hab. Joanna Goszczyńska, powołano dwa zakłady: Slawistyki Zachodniej i Slawistyki Południowej (zamiast istniejącego dotąd organizacyjnego podziału na kierunek językoznawczy i literaturoznawczy przyjęto podział geograficzny). W roku 2012 nastąpiła kolejna zmiana profilu Instytutu – z kulturoznawczego na slawistyczny. Rok później utworzono dwa zakłady, a mianowicie Literatur i Kultur Słowiańskich oraz Języków i Kultur Słowiańskich.
Rok 2016 upłynął pod znakiem obchodzonego jubileuszu stulecia slawistyki warszawskiej. Uroczystościom rocznicowym patronował J. M. Rektor UW, prof. dr hab. Marcin Pałys, a miały one miejsce w reprezentacyjnej Sali Balowej Pałacu Tyszkiewiczów-Potockich.
Opracowanie: Zdzisław Kłos
Liczne interesujące szczegóły z dziejów slawistyki warszawskiej, doprowadzonych do roku 2005, znaleźć można we wspomnianej w kalendarium publikacji Z historii slawistyki na Uniwersytecie Warszawskim pod redakcją dr. Jerzego Molasa.